Niquelândia foi fundada em 1735 por Manuel Rodrigues Tomar e Antônio de Sousa Bastos, que saíram do Arraial da Meia Ponte (atual Pirenópolis), para desbravar em buscas de riquezas no norte goiano. Primeiro, chegaram ao atual Trairás (também conhecido como Tupiraçaba), onde encontraram ouro de aluvial.
Ali fundaram uma vila que perdurou por anos em grande desenvolvimento, chegou a ser uma das vilas mais desenvolvidas de Goiás, foi por um dia a capital do império brasileiro e até hoje possui construções históricas que precisam ser rapidamente restauradas.
Em 1755, funda-se o povoado de São José do Tocantins, distrito de Trairás, que cresce às margens do Rio Bacalhau (nome dado pela grande presença desse peixe), onde logo fundaram a igreja de São José, a popular Matriz.